Tutkimuspalvelut

Biomedicum Helsinki -rakennuksessa toimii lukuisia tutkimuspalveluja tuottavia yksiköitä – keskuspalveluyksiköitä -, joiden palvelut on tarkoitettu lähinnä Meilahden kampuksella työskenteleville tutkimusryhmille. Myös kampuksen ulkopuolella toimivat laitokset, tutkimusryhmät ja yritykset voivat käyttää palveluja tai ostaa niiden tuotteita. Palvelujen ja tuotteiden hinnat määräytyvät käyttäjän taustaorganisaation perusteella.

FIMM Genomi- ja teknologiakeskus; Bioinformatiikkayksikkö

Yksikkö tarjoaa tietokoneympäristön ja asiantuntija-apua bioinformatiikka-analyysejä tarvitseville tutkijoille ja tutkimusryhmille.

Pääasialliset palvelut:

Yksikön ylläpitämä laitteisto tarjoaa interaktiivisen toimintaympäristön laajojen tutkimusaineistojen monivaiheiseen analyysiin.
Yksikkö on osa Suomen Molekyylilääketieteen Instituuttia (FIMM).

Yhteyshenkilö:
Timo Miettinen, timo.a.miettinen (at) helsinki.fi

Biomedicum Functional Genomics Unit, FuGU

Biomedicum Functional Genomics Unit (FuGU) tarjoaa palveluita genomiprofilointiin (NGS/syväsekvensointi ja mikrosirut) ja geenien toiminnalliseen tutkimukseen. NGS-palvelut käsittävät näytteen laadun mittaamisen, kirjaston valmistamisen, sekvensoinnin ja tulosten tulkinnan mm. seuraaviin sovelluksiin: Exome-seq, RNA-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, targeted DNA/RNA-seq. Mikrosirupalvelut käsittävät mRNA/miRNA -ekspressioiden ja kopiolukujen määrityksen ja yksiköllämme on käytössä kolme eri mikrosirusysteemiä.

Yksikkö tarjoaa myös qPCR-palveluita LightCycler- ja Fluidigm Biomark HD -laitteistoilla ja palveluita räätälöidään asiakkaiden tarpeisiin. Genomin editointi & vaimennus ja rekombinanttiviruspalvelut käsittävät ihmisen ja hiiren genominlaajuisten shRNA ja CRISPR guideRNA kirjastojen jakelun biokeskuksiin sekä lentiviruspartikkeleiden tuottamisen ja näihin liittyvät laatuanalyysit (esim. p24 ja RCV-testit).

Yksiköllä on käytössä TRC1 shRNA kirjasto ja vuoden 2016 alusta avattava CRISPR guideRNA kirjasto, jota voi tilata glyserolistokkeina, DNA:na tai lentiviruspartikkeleina.

Yhteyshenkilöt:
Outi Monni, outi.monni (at) helsinki.fi (genomiprofilointi)
Topi Tervonen, topi.tervonen (at) helsinki.fi  ja Juha Klefström, juha.klefstrom (at) helsinki.fi (genomin editointi & vaimennus ja rekombinanttiviruspalvelut)

Biomedicumin kantasolukeskus (BSCC)

BSCC on Biomedicumissa toimiva tutkimus- ja yhteistoimintayksikkö, joka keskittyy ihmisen alkiokantasolujen tutkimukseen. Keskuksen kautta on mahdollista saada paikallisesti kehitettyjä kantasolulinjoja ja ohjausta näiden solujen kasvatuksessa ja geneettisessä muokkauksessa.

Yhteyshenkilöt:
Professori Timo Otonkoski, e-mail: timo.otonkoski (at) helsinki.fi 
Dosentti Timo Tuuri, e-mail: timo.tuuri (at) helsinki.fi 

Genomibiologian keskuspalveluyksikkö

Genome Biology Unit (GBU) tarjoaa teknologiapalveluita sekä reagenssikokoelmia genominlaajuiseen tutkimukseen.
Yksikkömme tarjoaa Biokeskus Suomen tutkijoille reagenssikokelmia, jotka koostuvat noin 29 000 cDNA-konstruktista (MGC-kokoelma), sekä noin 18 600 Gateway-systeemiin yhteensopivasta ORF-konstruktista (ORFeome-kokoelma). Palvelumme kattaa myös ORF-konstruktien kloonauspalvelun erilaisiin ekspressiovektoreihin. Teemme klooneihin myös muutaman nukleotidin muutoksia mutageneesilla.


ORFien lisäksi kokoelmaamme kuuluu myös Sanger KO CRISPR kirjasto, joka sisältää yhteensä yli 75 000 ihmisen ja hiiren gRNA-konstruktia, sekä Mission TRC1 -kirjasto, joka sisältää lähes 160 000 ihmisen ja hiiren shRNA-konstruktia. Nämä kirjastokloonit ovat lentivirusvektoreissa. Teemme yhteistyötä Biomedicum Virus Coren kanssa, ja voimme tarvittaessa toimittaa kaikki GBU:sta tilatut lentivektorit suoraan BVC:hen virustuottoja varten.


Yksikkömme tarjoaa myös näytelasien digitalisointia 3DHistech Pannoramic FLASH II skannerilla. Skannaamme kudosleikelaseja sekä sytogisia näytelaseja kirkaskentällä ja fluoresenssilla 20x- ja 40x-objektiiveilla. Skannerillamme on myös mahdollista tehdä z-stack ja extended focus-skannauksia.
Yhteystiedot:
bch-gbu ( at ) helsinki.fi
Yksikön johtaja: Saara Ollila

EV Core

Helsingin Yliopiston EV core on Biotieteiden laitoksen, Farmasian tiedekunnan ja Suomen molekyylilääketieteen instituutin FIMM:n yhdessä perustama maailman ensimmäinen palvelualusta solunulkoisten vesikkelien (engl. extracellular vesicles, EV) analyyseihin. EV:t ovat tärkeitä solujen välisten viestien viejiä, joita tutkitaan vilkkaasti niin terveydessä kuin erilaisiin sairauksiin liittyen. EV:t ovat sisällöltään hyvin heterogeenisia ja pääsääntöisesti pieniä kooltaan, joten niiden tutkimuksiin tarvitaan erikoislaitteistoja, -menetelmiä ja -osaamista. EV core tarjoaa tutkimusryhmille, yrityksille ja muille EV:sta kiinnostuneille matalan kynnyksen EV-tutkimuksiin tarjoamalla palveluna EV:n eristystä, puhdistusta ja karakterisointia eri menetelmin. EV:n sisällön tutkimusiin EV core välittää myös kontakteja muihin palveluyksiköihin, joiden menetelmien soveltuvuus on testattu EV-näytteillä.

EV coren osaamisalueet ja palvelut lyhyesti:

Yhteyshenkilöt:
EV core Viikin päällikkö, dosenttiPia Siljander, pia.siljander (at) helsinki.fi, puh. +358 (0) 504486373 / +358 (0) 294159023
EV core Viikin koordinaattori Mari Palviainen, mari.palviainen (at) helsinki.fi, puh. +358 (0)5 0 4480777 / +358 (0) 294159307
EV core FIMMin päällikkö, Maija Puhka, maija.puhka|a|helsinki.fi, puh. +358 (0) 400 826846 / +358 (0) 2941 25879, EV Core FIMM

FIMM Näytesäilytyspalvelu

FIMM:n näytesäilytyspalvelun tarkoituksena on tarjota asiakkailleen toimintavarma ja edullinen nestetypen kaasufaasiin perustuva (-180°C) tai huoneenlämmössä tapahtuva näytesäilytyspalvelu. FIMM:llä on tätä varten koulutettu ammattitaitoinen henkilöstö, tarkasti määritellyt toimintatavat ja nykyaikaiset, asianmukaiset näytesäilytysjärjestelmät ja LIMS. Lisäksi näytesäilytyspalveluyksikkö tarjoaa asiakkailleen asiantuntija-apua uusiin näytekeräyksiin liittyen.

Tällä hetkellä säilytysjärjestelmässämme on ihmisperäisia veri-, seerumi-, plasma-, luuydin- ja virtsanäytteitä. Näytesäilytyspalvelumme perustuu kirjalliseen sopimukseen. Meillä säilytettävien näytteiden omistajuus ja hallinta pysyvät alkuperäisellä omistajalla, jollei ei toisin sovita.

Yhteyshenkilö:
Tiina Vesterinen, e-mail: tiina.vesterinen (at) fimm.fi

FIMM Digitaalisen mikroskopian ja molekyylipatologian yksikkö

FIMMin digitaalisen mikroskopian yksikkö tarjoaa histologisten ja sytologisten lasien koko leikkeen- skannauspalvelua kaikille asiakkaille. Tarjoamme sekä valomikroskopia että fluoresenssimikroskopia skannauksia 20X, 40X sekä 63X suurennoksilla. FIMM tarjoaa digitalisoidun kuvadatan web-pohjaisen Webmikroskooppi kuvapalvelimen kautta, jossa suurien gigapizelienkokoisia kuvia voidaan tallentaa, jakaa ja analysoida ( lisäinfoa www.fimmic.com ).

Yhteyshenkilö:
Reija Randen-Brady, e-mail: Reija.Randen-Brady (at) fimm.fi

Biomedicum Sequencing Unit (BSU)

Yhteyshenkilö:
Tapio Tainola, e-mail: tapio.tainola (at) helsinki.fi.

DNA-eristysyksikkö

Kansanterveyslaitoksen DNA-eristysyksikössä on prosessoitu näytteitä yli 200 000 yksilöstä. Laboratorion korkeatasoinen varustelu mahdollistaa veri- ja kudosnäytteiden automatisoidun käsittelyn. Laboratorion tarpeisiin on kehitetty myös tiedonhallintamenetelmiä, jotka auttavat laadunvalvonnassa ja näytteiden tietosuojan säilyttämisessä.

DNA-laboratorion palvelut: 

Yhteyshenkilö:
FT Päivi Laiho, email: paivi.laiho (at) thl.fi.

Koe-eläinyksikkö ja muuntogeeniyksikkö

Biomedicum Helsingin koe-eläintilat ovat ensisijaisesti muuntogeenisiä eläimiä varten. Yksikkö pyrkii olemaan kattava ja moderni muuntogeenisten eläinten yksikkö ja tarjoaa yhdessä transgeeniyksikön kanssa tähän toimintaan liittyviä palveluja. Palveluihin kuuluvat geenikonstruktioiden injektiot munasolun tumaan muuntogeenisten eläinten tuottamiseksi ja kimeeristen eläinten tuottaminen embryonaalisten kantasolujen avulla. Yksikkö suorittaa myös alkioiden siirtoja ja pakastuksia. Palvelujen käyttäjien on valmistettava itse tarvittavat geenikonstruktit; samoin embryonaalisten kantasolujen viljely ja haluttujen solukloonien valitseminen on palvelua käyttävän tehtävä.
Yksikkö vastaa näytteiden ottamisesta geenityypitystä varten ja eläinten risteyttämisestä annettujen ohjeiden mukaisesti.

Biomedicum Helsingin koe-eläinyksikkö ja transgeeniyksikkö kuuluvat Helsingin yliopiston Meilahden koe-eläinyksikköön.

Jyrsijöiden fenotyypitys ja in vivo tutkimusmallien yksikkö

Jyrsijöiden fenotyypitys ja in vivo tutkimusmallien yksikkö (Rodent phenotyping and in vivo experimentation unit – Rofe) tarjoaa koe-eläintutkimuksessa käytettäviä laitteistoja sekä koulutusta ja konsultaatiopalveluja. Rofen tarjoamat palvelut liittyvät käyttäytymistutkimuksen, neurofysiologian, kardiovaskulaari- ja metaboliatutkimuksen koe-eläinmalleihin. Rofen tarjoamiin palveluihin kuuluvat myös hiiren ja rotan käyttäytymisen fenotyypitys (lokomotoriikka, motorinen suorituskyky sekä sensoriset, emotionaaliset ja kognitiiviset perustestit).

Yhteyshenkilö:
Anni-Maija Linden, rofe-manager at helsinki.fi

Kokeellisten näytteiden kliinisen kemian määritys

Yhteyshenkilö:
Esko Kankuri, esko.kankuri@helsinki.fi

Kudoskäsittelylaboratorio

Kudoskäsittelylaboratorio tarjoaa palveluna kudosprosessointia,  jää- ja parafiinileikkeiden valmistusta sekä histologian ja immunohistokemian värjäyspalvelua.

Yhteyshenkilöt:
Onerva Levälampi
Helena Taskinen
e-mail: tissue-service (at) helsinki.fi

Proteiinikemian yksikkö

Yksiköllä on käytössään modernin proteiinikemiallisen mikroanalytiikan vaatimat laitteet sekä ajanmukaiset laitteistot proteiinien puhdistukseen ja eristykseen. Erikoispalveluihin kuuluvat mm. proteiinien tunnistus ja sekvensointi, proteiinien vuorovaikutusten analysointi ja proteomiikka-analyysit.
Yksikön palvelu- ja tukimuotoihin kuuluvat  myös sen tiloissa tapahtuva ohjattu työskentely ja säännöllisin välein järjestettävät koulutustilaisuudet.

Yhteyshenkilö:
Marc Baumann, marc.baumann (at) helsinki.fi.

Peptidi- ja proteiinilaboratorio

Haartman-Instituutti
Yhteyshenkilö:
Hilkka Lankinen, e-mail: hilkka.lankinen (at) helsinki.fi.

Biomedicum Imaging Unit (BIU)

Biomedicum Imaging Unit (BIU) tarjoaa laitteistoja, koulutusta ja konsultaatiopalveluja liittyen solujen, kudosten ja organismien toiminnalliseen kuvantamiseen, kuvallisen datan prosessointiin ja analyyseihin. Laitteistoresurssimme sijaitsevat Biomedicum 1 rakennuksessa sekä Haartman instituutissa.

BIU:n laitteistoihin kuuluvat useat elävien solujen kuvantamiseen soveltuvat konfokaali-, widefield- ja TIRF työasemat, sekä optiseen ja fMRI in vivo kuvantamiseen liittyvät laitteistot, solupohjainen tehoseulontalaitteisto, käänteis- ja pysty- epifluoresenssimikroskoopit ja ohjelmistot dekonvoluutiota, volyymirekostruktioita ja kuva-analyysejä varten. Annamme käyttäjille laitteistokohtaisen koulutuksen ja jatkuvan käyttötuen, sekä opastamme tutkimusprojektien suunnittelussa. BIU järjestää säännöllisesti biologiseen kuvantamiseen liittyviä seminaareja ja kursseja sekä ylläpitää kontakteja muihin kuvantamisyksiköihin kansallisella ja kansainvälisellä tasolla.

Palvelumme ovat avoimia kaikkien opiskelijoiden, tutkijoiden ja yritysasiakkaiden käytettäväksi. Lisätietoja ja tulevia tapahtumia sivustoiltamme.

Yhteystiedot:
biu-support (at) helsinki.fi ja http://www.biu.helsinki.fi/  

Toiminnallinen magneettikuvausyksikkö

Yksikön 4.7 Teslan fMRI-laitteisto mahdollistaa jyrsijöiden (rotta, hiiri) elinten ja elintoimintojen nopean ja tarkan magneettikuvauksen. Magneettikuvauslaitteiston vaatimien tilojen lisäksi yksikössä on asianmukaisesti varustetut toimenpide- ja säilytystilat pieneläimiä varten. Yksikkö on HUS:n ja HY:n yhteistyöhanke.

Yhteyshenkilö:
Turgut Tatlisumak, e-mail: turgut.tatlisumak (at) hus.fi

Biomedicum FACS Core -yksikkö

Biomedicumin FACS Core yksikössä on käytössä BDBiosciences FACSAria virtaussytometri, jolla pystytään analysoimaan ja sortteeraamaan soluja. Eristyksen jälkeen soluja voidaan esimerkiksi viljelellä tai analysoida niiden mRNA tai proteiini ekspressiota.

Biomedicumin FACS Core yksikkö tarjoaa virtaussytometri analyysi- ja sortteerauspalveluiden lisäksi myös perehdytystä virtaussytometrien käyttöön. 

Biomedicum Flow Cytometry

Yhteyshenkilöt:
Nina Peitsaro, e-mail: nina.peitsaro (at) helsinki.fi
Noora Aarnio, e-mail: noora.m.aarnio (at) helsinki.fi
Tarja Grundström, e-mail: tarja.grundstrom (at) helsinki.fi

Biomedicum Virus Core -yksikkö

Yhteyshenkilö:
Juha Klefström, e-mail: juha.klefstrom (at) helsinki.fi.

Biomedicum Äkta Explorer FPLC Core Facilty

Yhteyshenkilöt:
Michael Jeltsch, e-mail: michael (at) jeltsch.org
Marko Hyytiäinen, e-mail: marko.hyytiainen (at) helsinki.fi

Adeno-Associated Virus (AAV) Core Facility

Yhteyshenkilöt:
Andrey Anisimov, e-mail: andrey.anisimov (at) helsinki.fi
Tanja Laakkonen, e-mail: tanja.laakkonen (at) helsinki.fi

HUSLAB Liuoslaboratorio

HUSLAB, Kliininen mikrobiologia
e-mail: liuoslaboratorio (at) hus.fi
Yhteyshenkilö:
Kirsti Iivonen, e-mail: kirsti.iivonen (at) hus.fi

Biostatistiikan keskus

tarjoaa biostatistiikan konsultointia Akateeminen lääketiedekeskus Helsingin (AMCH) tutkijoille ja tutkimusryhmille, joihin kuuluvat Helsingin yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan, Helsingin seudun yliopistollisen keskussairaalan (HYKS) sekä Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) tutkijat ja ryhmät. Palvelu tarjoaa biostatistiikan konsultointia tutkimusprojektien suunnitteluun (mm. koesuunnittelu, voimalaskelmat), neuvontaan analysoinnissa (mm. tilastollisen analyysimenetelmän valinta ja neuvonta analyysin toteutuksessa tilasto-ohjelmistolla), tulosten tulkinnassa, raportoinnissa ja julkaisussa.

Lisää tietoa palvelusta on saatavilla Biostatistiikan keskuksen verkkosivuilta, (https://www.helsinki.fi/fi/infrastruktuurit/biostatistiikan-keskus).

Yhteyshenkilö:
Paula Bergman, biostat-consult (at) helsinki.fi