Tutkimuspalvelut
Biomedicum Helsinki -rakennuksessa toimii lukuisia tutkimuspalveluja tuottavia yksiköitä – keskuspalveluyksiköitä -, joiden palvelut on tarkoitettu lähinnä Meilahden kampuksella työskenteleville tutkimusryhmille. Myös kampuksen ulkopuolella toimivat laitokset, tutkimusryhmät ja yritykset voivat käyttää palveluja tai ostaa niiden tuotteita. Palvelujen ja tuotteiden hinnat määräytyvät käyttäjän taustaorganisaation perusteella.
FIMM Genomi- ja teknologiakeskus; Bioinformatiikkayksikkö
Yksikkö tarjoaa tietokoneympäristön ja asiantuntija-apua bioinformatiikka-analyysejä tarvitseville tutkijoille ja tutkimusryhmille.
Pääasialliset palvelut:
- data-analyysit mikrosiru- ja genotyyppianalyyseistä genomitason sekvenssianalyyseihin
- suurten tutkimustiedostojen ja tietokantojen säilyttäminen, versiointi ja integrointi, sekä laskentaympäristö tietokoneanalyysien suorittamista varten
- erillisten www, analyysi, ym. virtuaalipalvelinten ylläpito tutkimusryhmille ja core-yksiköille
- tutkimusta tukevien tietojärjestelmien kehittäminen
Yksikön ylläpitämä laitteisto tarjoaa interaktiivisen toimintaympäristön laajojen tutkimusaineistojen monivaiheiseen analyysiin.
Yksikkö on osa Suomen Molekyylilääketieteen Instituuttia (FIMM).
Yhteyshenkilö:
Timo Miettinen, timo.a.miettinen (at) helsinki.fi
Biomedicum Functional Genomics Unit, FuGU
Biomedicum Functional Genomics Unit (FuGU) tarjoaa palveluita genomiprofilointiin (NGS/syväsekvensointi ja mikrosirut) ja geenien toiminnalliseen tutkimukseen. NGS-palvelut käsittävät näytteen laadun mittaamisen, kirjaston valmistamisen, sekvensoinnin ja tulosten tulkinnan mm. seuraaviin sovelluksiin: Exome-seq, RNA-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, targeted DNA/RNA-seq. Mikrosirupalvelut käsittävät mRNA/miRNA -ekspressioiden ja kopiolukujen määrityksen ja yksiköllämme on käytössä kolme eri mikrosirusysteemiä.
Yksikkö tarjoaa myös qPCR-palveluita LightCycler- ja Fluidigm Biomark HD -laitteistoilla ja palveluita räätälöidään asiakkaiden tarpeisiin. Genomin editointi & vaimennus ja rekombinanttiviruspalvelut käsittävät ihmisen ja hiiren genominlaajuisten shRNA ja CRISPR guideRNA kirjastojen jakelun biokeskuksiin sekä lentiviruspartikkeleiden tuottamisen ja näihin liittyvät laatuanalyysit (esim. p24 ja RCV-testit).
nlaönönvöKFSNÖ lnönönj
