Biomedicum Helsinki Foundation Grantees 2022
The board of the Biomedicum Helsinki Foundation has granted a total of 210 000 euros of research grants in the year 2022
Clinical Investigator Post Doctoral Grant
| Name | Title | Abstact of research proposal | Amount |
| Räsänen Markus | TWIST1 regulates smooth muscle cell phenotype as a mechanim of coronary artery disease risk | Coronary artery disease (CAD) is a complex vascular wall process characterized by many cell types and leading to a progressive development of atherosclerotic plaques. The heritability of CAD is estimated to be around 40-60 %. Large-scale genome wide association studies (GWAS) have identified 163 genome wide significant CAD loci and several hundred independent loci strongly associated to it. Most of these causal genes are independent of other risk factors. Vascular smooth muscle cells (SMC) have been shown to contribute a significant portion of the attributable riskfor CAD. SMCs transition to a fibroblast-like phenotype, fibromyocytes (FMC). These cells prevent plaquerupture and vascular occlusion. TCF21, based on earlier data, is protective against CAD risk, by affecting the SMC phenotype. However, TCF21, based on earlier data, is protective against CAD risk, by affecting the SMC phenotype. However, TWIST1, homologue of TCF21, seems to promote disease risk. I hypothesize that while TWIST1 and TCF21 both promote de-differentiation of SMC to a FMC phenotype, TWIST1 promotes a greater SMC proliferation and a different FMC phenotype, resulting to greater plaque burden and decreased contribution to the protective fibrous cap. Therefore, my goal is to study the relationship of these genes and to investigate the mechanisms by which TWIST1 and TCF21 are regulated, and modulate the SMC phenotype. These data will provide critical information regarding the upstream signaling pathways that can mediate disease risk. | 40000€ |
Young Investgators’ Grants
| Name | Title | Summay of research proposal | € |
| Ahvenainen Terhi | MOLECULAR PROFILING OF UTERINE LEIOMYOMAS | Leiomyoomat ovat naisten yleisimpiä kasvaimia. Histopatologiaan perustuen 90 % kasvaimista jaetaan tavanomaisiin leiomyoomiin. Loput 10 % jaetaan variantteihin, joiden patogeneesi on huonosti tunnettu. Väitöskirjan tavoitteena on tunnistaa varianttien molekulaarisia syntymekanismeja ja kehittää leiomyoomien kliinistä diagnostiikkaa. Väitöskirjassa näytetään uusia molekulaarisia ja histopatologisesti poikkeavia varianttien alaryhmiä, joista osaan liittyy malignisoitumiseen kuuluvia muutoksia. Tämän lisäksi siinä identifioidaan tehokas kliininen biomarkkeri tunnistamaan leiomyoomia henkilöiltä, joilla on kohonnut riski sairastua munuaissyöpään. | 4000€ |
| Anttila Johanna | New MYC-targeting Synthetic Lethal Strategies in Breast Cancer | Syöpägeeni MYC on yleisesti yli-ilmentynyt rintasyövissä. MYC uudelleenohjelmoi syöpäsolujen aineenvaihduntaa mahdollistaen syöpäsolujen kiivaan jakautumisen. Viimeaikaisessa tutkimuksessamme löysimme MYC-positiivisiin syöpäsoluihin tehoavan lääkeyhdistelmän. Näytimme, että osana yhdistelmää metformiini herkisti syöpäsolut solukuolemalle, mutta solukuolemaherkistymisen mekanismit vaativat kuitenkin vielä selvittämistä. Tutkimuksessani selvitän, mitä kriittisiä aineenvaihdunnan muutoksia metformiini saa aikaan MYC-positiivissa syöpäsoluissa solulinjoja ja potilasnäyteviljelmiä käyttäen. Tavoitteenani on myös löytää uusia MYC-positiivisiin syöpiin tehoavia lääkeyhdistelmiä ja tutkia niiden kykyä aktivoida immunogeenistä solukuolemaa. | 4000€ |
| Asikainen Aleksanteri | Changes in subarachnoid hemorrhage mortality in the Finnish population – a national register-based study of 10,000 cases over the last 20 years. | Väitöskirjani tavoitteena on tuoda uutta tietoa subaraknoidaalivuodon (SAV) ennusteeseen ja kuolleisuuteen vaikuttavista tekijöistä, ja siten pienentää SAV:n aiheuttamaa tautitaakkaa. Aineistona toimii projektiamme varten koottu Tilastokeskuksen kuolinsyyrekisterin ja THL:n hoitoilmoitusrekisterin muodostama yhteistyöaineisto, joka sisältää tarkat tiedot kaikista vuosina 1998-2017 Suomessa diagnosoiduista, yli 10 000 SAV-potilaasta. Maailmallakin erittäin kovatasoista, harvinaisesti myös kaikki äkillisesti ennen hoitoon pääsyä kuolleet potilaat kattavaa aineistoamme ei ole vielä hyödynnetty SAV- kuolleisuuden tutkimiseen ja väitöskirjaprojektini tulee olemaan ensimmäinen aihetta Suomessa kansallisella tasolla tarkasteleva tutkimus. | 4000€ |
| Auvinen Pauliina | Environmental effects on the epigenome, gene regulation, and embryonic development | Väitöskirjassani selvitän miten raskaudenaikaiset ympäristötekijät vaikuttavat epigenomiin, geenien toimintaan ja kehitykseen. Erityisesti tutkin kahta yhteiskunnallisesti merkittävää ympäristötekijää, raskaudenaikaista alkoholialtistusta ja hedelmöityshoitoja. Tutkimuksessa hyödynnän keräämiämme ainutlaatuisia vastasyntyneiden kohortteja. Merkittävät löytömme sekä epigeneettinen ja innovatiivinen lähestymistapamme lisäävät ymmärrystä ihmisen kehityksestä: miten geenit ja ympäristö vaikuttavat ilmiasuumme. Tutkimamme ympäristötekijät vaikuttavat merkittävään osaan vuosittain syntyvistä lapsista, joten molekulaaristen mekanismien ymmärtäminen mahdollistaa yksilöllisen ja tehokkaan terveydenhoidon. | 6000€ |
| Dulipati Vinaya | Immune responses and evasion strategies of Borrelia spirochetes in neuroborreliosis | Lyme borreliosis is the most common tick-borne disease in the world. An untreated infection may cause severe disease presentations such as skin lesions, arthritis, neurological impairment, or heart problems. Since there is no vaccine available yet to battle the disease, there is an urgent need to identify and understand the different mechanisms that borrelia bacteria use to cause infections in humans. Our lab has an established history of successful research in this area. We have new promising results from our research studies that will help us understand the disease better and take us one step closer to finding a potential vaccine. | 4000€ |
| Gondane Aishwarya | Loss of CDK12 triggers epigenetic reprogramming of prostate cancer cells to stem-cell like state | Cyclin-dependent kinase 12 (CDK12) promotes the expression of long genes. CDK12 is inactivated in aggressive prostate cancer (PC), but it is not known why the affected cells proliferate fast and form metastasis more efficiently than the wild type cells. My preliminary data revealed that inactivation of CDK12 is associated with the loss of DNA methylation in patient samples, and inhibition of CDK12 activity activates the expression of genes marked by DNA methylation. It is known that the loss of DNA methylation increases genome-accessibility. The Biomedicum grant enables me to decode how the cells with compromised CDK12 activity alter their genome-accessibility and transcriptional program using tools of chemistry and bioinformatics. | 4000€ |
| Ibrahim Hazem | Mutant RFX6 disturbs pancreatic progenitor identity and its haploinsufficiency impairs beta-cell functionality predisposing to Type-2 diabetes | Modelling RFX6-associated diabetes using genetically engineered human embryonic stem shows that RFX6 has a dual role, one in the development of the pancreas and another in the functionality of beta-cells. The absence of RFX6 hinders the development of beta-cells, while a lower gene dose in heterozygous mutants leads to a reduction in beta-cell maturation markers UCN3 and G6PC2, impairing insulin secretion and predisposing to Type-2 diabetes. | 4000€ |
| Jalil Sami | Development of a clinically relevant gene-editing strategy to correct the Finnish-founder pathogenic mutations causing CADASIL, Familial Hypercholesterolemia, and ASL. | CADASIL, ASL and FH-Pogosta are life-threatening genetic diseases more prevalent in Finland than in the rest of the world. To this day, there is no definitive cure, and the study models are insufficient. In this project, we collected skin biopsies from six patients, corrected the genetic mutations responsible for these diseases and generated induced pluripotent stem cells (hiPSC). Currently, we are developing therapy-compatible tools that allow us to correct patient mutations in the cell types more affected by the disease. We combine hiPSC-derived models and clinically relevant gene-editing tools to better understand the diseases’ mechanisms and generate a system to correct their genetic causes. | 4000€ |
| Jokiranta Suvi | COVID-19: diagnostic sensitivity and immunological consequences | The COVID-19 pandemic has resulted in over 6,2 million deaths worldwide. Lymphopenia is a common finding and a risk for severe disease. It is known that in measles lymphopenia leads to immune amnesia, a condition where antibody levels for previously encountered pathogens fall. We hypothesize that severe COVID-19 causes a similar type of immune amnesia. The purpose of this project is to: 1) Establish the sensitivity of the SARS-CoV-2 RT-PCR test, 2) Compare tetanus, diphteria and pertussis vaccine antibody levels and B cell responses in patients during and post-COVID-19 infection, and 3) Examine the effects of B cell responses during COVID-19 infection on EBV reactivation, and investigate whether EBV/SARS-CoV-2 coinfection leads to prolonged symptoms (long COVID). The first part of the project is already finalized and published in an article titled “Real-life clinical sensitivity of SARS-CoV-2 RT-PCR test in symptomatic patients”. | 4000€ |
| Kaukomaa Jaana | Molecular genetic background of uterine leiomyomas and adenomyomas | Kohdun leiomyoomat ja adenomyoomat ovat kohdun lihaskerroksen hyvänlaatuisia kasvaimia. Ne voivat aiheuttaa hankalia oireita ja niillä on merkittävä vaikutus miljoonien naisten terveyteen. Tutkimus kartoittaa kasvainten molekyyligeneettisiä piirteitä. Tieto on tärkeää, jotta voimme paremmin ymmärtää kasvainten syntyyn ja kehittymiseen vaikuttavia mekanismeja sekä auttaa kasvaimista kärsiviä naisia parantamalla diagnoosin ja ennusteen tekemistä sekä kehittämällä yksilöityjä hoitoja. Kohdun leiomyoomat on liitetty perinnölliseen HLRCC-syöpäoireyhtymään, jonka varhainen diagnosointi mahdollistaa aggressiivisten kasvainten seulonnan. Tutkimus tarjoaa uutta tietoa ja oireyhtymään liittyvien kohdun leiomyoomien tunnistamiseen sopivaa menetelmää. | 4000€ |
| Khamaiseh Sara | Molecular Background of Uterine Leiomyomas and Leiomyosarcomas | Uterine leiomyomas are very common gynecological tumors. They can cause severe symptoms, and are frequently treated by surgery. Leiomyomas with atypical histolopathlogy known as “leiomyoma variants” highly resemble their malignant counterpart leiomyosarcomas. Leiomyosarcomas are rare and aggressive cancers. Molecular background of leiomyomas variants remains largely unknown. The aim of my PhD project is to reveal molecular alterations in leiomyoma variants and to identify biomarkers that differentiate leiomyomas from leiomyosarcomas. Early detection of tumors with malignant behavior can lead to cancer prevention. Research progress has been excellent with the first two articles published, and two other project’s analyses ongoing. | 4000€ |
| Kong Weikaixin | Identification of personalized drug combinations for cancer patients | Drug combinations have shown many advantages in the treatment of cancer patients, including synergisticnon-additive effects and reducing monotherapy resistance. However, further research is required to solve critical problems. For example, some patients will develop resistance, due to target mutations and other bypass mechanisms, rendering the monotherapies and even two-drug combinations ineffective. In my PhD project, I will therefore develop computational models for predicting the pathway activity profiles perturbed by pairwise and higher-order combinations. This will provide an effective workflow for identifying personalized combinations that overcome drug resistance caused by patient-specific genetic or non-genetic aberrations | 4000€ |
| Kupila Sakris | Verkkopohjaisen painonhallintaintervention vaikutus psyykkiseen hyvinvointiin ja koettuun elämänlaatuun | Lihavuus liitännäissairauksineen on kasvava kansanterveydellinen taakka. Painonhallinnan tukemiseen tarvitaan uusia keinoja, sillä kaikki eivät nyt pääse tarpeellisen hoidon piiriin. Verkkopohjaiset hoitomuodot tarjoavat lupaavan, joustavan ja saavutettavan vaihtoehdon perinteisille kasvokkaisille hoitomuodoille. Tässä tutkimuksessa tarkastellaan suomalaisen terveydenhuollon osana toimivaa Terveyslaihdutusvalmennusta. Vuoden kestävä verkkopohjainen valmennus pohjaa hyväksymis- ja omistautumisterapiaan käsitellen laajasti painonhallintaan liittyvää terveyskäyttäytymistä. Tavoitteena on selvittää lihavuuden ja toisaalta laihtumisen vaikutusta henkiseen hyvinvointiin, koettuun terveyteen ja elämänlaatuun sekä terveyspalvelujen käyttöön. | 4000€ |
| Lanki Mira | Tollin kaltaiset reseptorit sekä seerumin sytokiinit haiman duktaalisen adenokarsinooman prognostisina ja erotusdiagnostisina työkaluina | Tutkimme yleisimmässä haimasyöpätyypissä, haiman duktaalisessa adenokarsinoomassa, tulehdusmerkkiaineita selviytymisen ennustamiseksi sekä tunnistamisen helpottamiseksi pitkäaikaista haimatulehdusta sairastavien potilaiden joukosta. 1. ja 2. työmme keskittyvät Tollin kaltaisiin reseptoreihin, joiden ilmentyminen on monissa syövissä yhdistetty huonompaan ennusteeseen. Työt perustuvat syöpänäytteiden immunologiseen värjäykseen. 3. ja 4. työmme perustuvat verinäytteisiin, jotka olemme keränneet haimasyöpää ja pitkäaikaista haimatulehdusta sairastavilta potilailta. Verestä analysoimme tulehdusmerkkiaineita, joiden avulla yritämme tarkentaa elinajan ennustamista syöpäpotilailla sekä erotusdiagnostiikkaa sairauksien välillä. | 4000€ |
| Launonen Inga-Maria | Clinical applicability of highly multiplex t-CycIF imaging from clinical high-grade serous ovarian tumor samples in assessing the tumor-immune microenvironment | Precision medicine requires discovery of new biomarkers for patient stratification: in the case of ovarian cancer new immunotherapeutic and combinatorial treatment strategies are needed in order to improve the prognosis of patients. The reliability of biomarkers is essential for their clinical utility. Tissue microarrays typically used in clinical practise and biobanks present only small fields of view of 1mm in diameter, whereas whole-slide imaging captures areas of tenfolds. To assess the clinical utility of tissuemicroarrays, we aim to characterize the effect of sampling errors caused by spatial inhomogeneity in the tumor microenvironment on single-cell spatial and expression analyses from cutting edge single-cell spatial proteomic data. | 6000€ |
| Lithovius Väinö | Diabeteksen solukorvaushoitojen turvallisuuden parantaminen sekä synnynnäisen hyperinsulinismin lääkehoidon kehitys kantasoluperäisten saarekkeiden avulla | Kantasoluista erilaistetut saarekkeet ovat potilaskokeissa tyypin 1 diabeteksen parannukseksi. Siirteiden turvallisuuden ja tehon varmistamiseksi niiden seurantaan tarvitaan tarkempia menetelmiä. Synnynnäinen hyperinsulinismi on vastasyntyneen henkeä uhkaava sairaus, jossa beetasolut erittävät liikaa insuliinia, ja johon ei ole tehokasta hoitoa. Tavoitteenani on kehittää potilaskäyttöön soveltuva menetelmä kantasolusaarekesiirteiden seurantaan kuvantamalla kahden radioaktiivisen merkkiaineen kertymää erikokoisiin ja eri asteella toimiviin siirteisiin. Toisena tavoitteenani on löytää insuliinineritystä vähentävä lääke testaamalla valikoitujen lääkkeiden vaikutusta hyperinsulinismi-kantasolusaarekkeiden eritykseen maljalla ja hiirissä. | 6000€ |
| Lähteenmäki Hanna | Modern aMMP-8 Poc/chairside diagnostic and treatment modalities in periodontitis and peri-implantitis | In these studies, we measure the presence of the enzyme aMMP-8 in the sulcus fluid of implants and compare the results with traditional measurements. It is hypothesized that the aMMP-8 enzyme assay could be used to diagnose early inflammation. The aim is to evaluate the recommended risk limits for the rate of progression of peri-implant disease. In addition, in my dissertation, I study the suitability of the aMMP-8 PoC/chairside test for evaluating the health effects of various Finnish innovations and treatments, such as Lingora® mouthwash and Lumoral® therapy. | 4000€ |
| Nagaeva Elina | Role of the ventral tegmental area somatostatin-expressing neurons in the brain circuits and behaviour. | My thesis work aims to deliver a solid piece of fundamental knowledge about the cellular heterogeneity within the brain reward hub – the Ventral Tegmental Area (VTA). Recently, we have described the previously overlooked Somatostatin-expressing (Sst) neuron population in this region in sense of their cellular properties and function in the VTA. As a logical continuation, I would like to know what role these neurons play in mouse behaviour. The results of the proposed project will show to which brain areas VTA Sst neurons send their projections. It will also tell how deletion of these neurons changes mouse performance in reward and anxiety-related tasks. Overall, acquired results will advance understanding of the brain reward circuitry. | 4000€ |
| Paloviita Pauliina | MicroRNAs as regulators of lineage commitment in human embryos. | Of the human genome 98% is non-coding DNA, that produces diverse RNA molecules. In our recent publication, we are the first to characterize the small non-coding RNA repertoire, with emphasis on microRNAs, in human oocytes and early embryos. In animals, microRNAs are known to regulate normal embryonic development and pluripotency but little is known in the context of human embryonic development. I have computationally predicted oocyte and embryo enriched microRNAs to target mRNAs regulating the first cell differentiations in human embryos, which we will study using cell models and finally human embryos. This work will increase understanding of critical mechanisms governing normal human development and enable improved IVF treatments. | 6000€ |
| Pang Zan | Extra-adrenal synthesis of aldosterone in the murine gut, regulation and relevance | In murine large intestine, we previously detected aldosterone, its precursor corticosterone, protein and gene of aldosterone synthase (CYP11B2) as well as transcription factor, liver receptor homolog (LRH-1). Physiological stimulants for aldosterone for its formation in the adrenal glands also activated aldosterone synthesis locally in the gut postulate that aldosterone is formed locally in intestine. This study is aimed to clarify whether the activity of the enzyme in different sections of intestine is under control of circadian rhythm similarly to adrenal cortex. The formed aldosterone will be measured immunologically after reaction with aldosterone synthase from intestinal tissue and deoxycorticosterone as substrate. | 4000€ |
| Quixabeira Dafne | Enhancing NK cell therapy anti-tumour efficacy for treatment of immunosuppressive solid tumours with an engineered oncolytic adenovirus coding for a human vIL-2 cytokine | Use of NK cells as an adoptive cell immunotherapy has increased recently. NK cells feature robust cytotoxic capacity and ability to recognize and eliminate cancer cells in a MHC I independent manner, allowing allogeneic (“off-the-shelf”) treatment. Despite prominent potential, NK cells persistence in vivo, migration to tumours, and efficacy in solid tumours have been found less than optimal. Here, we hypothesize that our engineered oncolytic adenovirus coding for a vIL-2 cytokine, Ad5/3-E2F-d24-vIL2 (vIL-2), will enable NK cell therapy to exert anti-tumour effects in the treatment of immunosuppressive cancers, like ovarian and pancreatic cancers. Previously, we have seen promising anti-tumour response with oncolytic monotherapy in a hamster pancreatic cancer model. Similarly, in preliminary results with ovarian cancer patient samples, vIL-2 was shown to potentiate cytotoxic lymphocytes effects, and to positively modulate critical NK cell receptors on cancer cells. Therefore, in the present project we propose the use of our vIL-2 virus to overcome the current limitations that hamper the broad us of NK cell therapy in the treatment of human solid tumours with a markedly immunosuppressive tumour microenvironment. The results produced in this project will create a solid grounds for clinical studies utilizing NK cell derived therapies in humans. | 6000€ |
| Sarkkinen Joona | Dysregulated germinal center reaction in the pathogenesis of neurological autoimmune diseases | Multiple sclerosis (MS) and myasthenia gravis (MG) are neurological autoimmune diseases which are thought be caused by chronic viral infection, which causes dysregulation of germinal center reaction and disturbs peripheral tolerance. My translational doctoral thesis studies germinal center reaction versatilely from different angles. Simultaneous immunofluorescence of 16 different markers of MS lymph nodes and MG thymi enable single cell level image analysis of individual immune cells, their neighborhoods, and germinal center composition. Single-cell RNA sequencing and cellular indexing and sequencing of transcriptomes and epitopes (CITEseq) of MS lymph node biopsies at disease onset and flow cytometry analysis of MG thymic samples identify differences in immune cell subsets and functions. Next Generation Sequencing of MS lymph node aspirations and MG thymi enables us to investigate how viral infection affects germinal center reaction. My translational thesis studies germinal center reaction, its cell populations, functions, and microenvironment with exceptional scope elaborating poorly known regulative mechanisms of germinal center reaction in autoimmunity and in healthy individuals. The results aim to reveal novel biomarkers for MS and MG and uncover new options for treatment interventions. | 4000€ |
| Sikorski Vilbert | Blood RNA adenosine methylation as a biomarker for ischemic heart disease | Sepelvaltimotauti johtaa maailman kuolisyytilastoja. Sepelvaltimotaudissa sydänlihaksen omat valtimot rasvoittuvat tukkien niiden verenkiertoa. Huomioiden kohonnut riski hengenvaaralliselle sydäninfarktille, olisi sepelvaltimotaudin varhainen tunnistaminen elintärkeätä. Epitranskriptomiikka tutkii geneettisen materiaalin (ribonukleiinihapon) muokkauksia. Alustavat tutkimukset ovat yhdistäneet näitä muutoksia mm. sepelvaltimotautiin. Tutkimuksessa kartoitetaan verestä epitranskriptomisia muokkauksia neljässä eri sydänpotilasryhmässä. Verinäytteistä määritetään mm. epitranskriptominen profiili hyödyntäen sekvensointimenetelmiä. Tietoja vertailemalla tutkimuksessa pyritään tunnistamaan merkkiaineita sepelvaltimotaudin tulevaisuuden hoitoon. | 4000€ |
| Suur-Uski Johanna | The development of work arrangements work ability and health in later careers | Väestön ikääntyminen on haaste ikääntyvissä Länsimaissa. Poliitikkojen nostaessa eläkeikää on tärkeää tuottaa tietoa siitä, miten ikääntyvät työntekijät jaksavat ja voivat töissä. Nykytutkimuskentältä puuttuu ikääntyviin työntekijöihin keskittyvää työjärjestelyjä ja työkykyä yhdistävää tutkimusta. Hanke tuottaa uutta tietoa ikääntyvien työntekijöiden terveydestä, työoloista ja heidän työjärjestelyjensä kehityksestä. Erityinen uutuusarvo ovat kehityspolkuanalyysit ikääntyvien työntekijöiden työtunneista ja sairauspoissaoloista. Tutkimus täydentää aiempaa tietoa suomalaisten kuntatyötekijöiden työkyvystä ja pyrkii löytämään ennaltaehkäiseviä keinoja ja tietoa päätöksentekijöden avuksi työntekijöiden terveyden ylläpitämisessä. | 4000€ |
| Syed Shahan | Antibodies against Streptococcus pneumoniae have a protective role against atherosclerosis by neutralizing Pro atherogenic HDL particles | Atherosclerosis is the thickening of arteries, leading to constricted blood flow and coronary heart disease. In atherogenesis, the initiation of plaque buildup is the critical step. Research suggests a role of infectious diseases in the onset of atherosclerosis. The high-density lipoproteins mediate cholesterol efflux from the foam cells, having a protective role against atherosclerosis. Pneumolysin from S. pneumoniae can modify the lipid and protein composition of the HDL, which then have reduced ability for cholesterol efflux and may contribute to chronic inflammation. We hypothesize that anti-Ply antibodies bind to modified HDL, thereby having a protective effect on atherosclerosis. | 4000€ |
| Tynjälä Anniina | The genetics of arterial stiffness in individuals with type 1 diabetes | Tyypin 1 diabetesta (T1D) sairastavien sydän- ja verisuonitautikuolleisuus on edelleen taustaväestöä suurempaa, minkä yhdeksi riskitekijäksi epäillään varhaisempaa valtimoiden jäykistymistä. T1D:n kroonisia komplikaatioita tutkivassa FinnDiane-kohortissa valtimojäykkyyttä arvioidaan kajoamattomalla applanaatiotonometria-menetelmällä. Tässä tutkimuksessa pyrimme selvittämään valtimojäykkyyteen vaikuttavia perinnöllisiä tekijöitä suorittamalla genominlaajuisen assosiaatioanalyysin yli 5000 T1D:a sairastavaa henkilöä käsittävässä aineistossa. Tulokset voivat auttaa meitä ymmärtämään valtimojäykkyyden riskitekijöitä, mekanismeja ja hoitomahdollisuuksia tässä komplikaatioille alttiissa ryhmässä. | 4000€ |
| Urpa Lea | Genetic Architecture of Intellectual Disability in Northern Finland | On a late May morning, Jon and Katja received shocking news at the pediatrician’s. They had noticed Sam was not developing like other babies- he had intellectual disability, and would have a different life than other children. They loved him so much, but it was a difficult moment- did they do something wrong, or was the situation always out of their hands? These are difficult questions to answer. Intellectual disability is often caused by genetic variation, but understanding the exact cause can give solace. Is it a random-chance mutation only in the child, or a combination of genes from the parents? I try to understand the different ways that that genetic variation can cause intellectual disabilities, known as genetic architecture. | 4000€ |
| Vanhanen Jukka | Repetitive transcranial magnetic stimulation targeting secondary somatosensory cortex in the treatment of complex regional pain syndrome | Tutkimuksessa selvitetään uuden kivunhoitomenetelmän, aivojen magneettistimulaation, vaikutusta krooniseen hermovauriokipuun. Olemme edellisessä tutkimuksessa osoittaneet, että kohdistamalla stimulaation uuteen hoitokohteeseen, aivojen tunto- ja kipujärjestelmään, aivoinfarktin jälkeisestä kivusta kärsivien potilaiden kipu väheni. Lisäksi tämä hoitovaste oli pidempikestoinen kuin tavanomaisesta hoitoprotokollasta todettu apu. Nyt pyrimme osoittamaan tämän stimulaation kipua lievittävän tehon uudella potilasryhmällä, monimuotoista paikallista kipuoireyhtymää sairastavilla potilailla. Samalla selvitämme magneettistimulaation vaikutusmekanismeja, mikä edesauttaa hermostimulaatioon pohjautuvien kivunhoitomenetelmien jatkokehitystä. | 4000€ |
| Ventin-Holmberg Rebecka | Biomarkers of the gut fungal and bacterial compositions in inflammatory bowel disease | I investigate predictive markers in inflammatory bowel disease (IBD), which is a common autoimmune disease in Finland with chronic inflammation of the gut. These patients receive a drug, infliximab, that is blocking the immune system to reduce inflammation. However, up to half of the patients do not respond, and it is important to study markers that could predict this response since the medication is expensive and can cause side-effects. Additionally, I study markers of inflammation in infants who has received antibiotics. Antibiotics cause imbalance of the gut microbiota, which can lead to detrimental effects such as IBD and obesity. To possibly develop tools to avoid this imbalance, it is crucial to investigate the effect of antibiotics. | 6000€ |
| Vuoristo Mikko | Ihomelanooman metastaattinen vartijasolmuke | Vartijasolmukebiopsia on ollut vuosituhannen vaihteesta lähtien tärkeä osa melanoomapotilaan hoitoa. Viime vuosina kehittyneet melanooman liitännäishoidot ja 2017 julkaistun kansainvälisen MSLT-2 –tutkimuksen tulokset ovat muuttaneet stage III –melanooma-potilaiden seurantaa ja hoitoa. Täydentävää imusolmukkeiden poistoleikkausta ei enää suositella kaikille potilaille, joilla on todettu metastaasi vartijasolmukkeessa. Vartijasolmukebiopsiasta saatavan tiedon merkitys on korostunut. Tämä väitöskirjatutkimus käsittelee vartijasolmukebiopsiaa melanoomapotilailla. Potilasaineisto koostuu Helsingin yliopistollisessa keskussairaalassa hoidetuista melanoomapotilaista, joille on tehty vartijasolmukebiopsia. Erityistarkastelun kohteena ovat potilaat, joiden vartijasolmukkeissa todettiin metastaasi. Vartijasolmukkeiden määrää, statusta ja radioaktiivisuutta sekä metastaasien kokoa ja mikroanatomista sijaintia verrataan kliinisiin seurantatietoihin. Tutkimus vastaa kysymyksiin: miten vartijasolmukebiopsia optimoidaan sekä miten vartijasolmukkeesta saatavaa tietoa hyödynnetään melanoomapotilaiden hoidossa. Perimmäinen tavoite on kehittää melanoomapotilaan hoitoa. Tutkimuksessa käytössä oleva potilasaineisto on sekä määrältään että seurantatiedoiltaan kansainvälisesti merkittävä. | 4000€ |
| Wang Wenyu | ACCTAR: Accurately Targeting Cancer Vulnerabilities with AI-boosted Integration of Multi-source Perturbational Data | Treating cancer requires identifying venerable targets and then attacking these targets with the correct drugs. My project is trying to identify the right drugs for the right targets, by employing artificial intelligence to integrate large-scale public cancer cell data and drug treatment data. The methods I developed tackled several computational challenges during this process and have been validated in collaborators’ in-house datasets. My method is then applied to prioritize the available drugs for improving cancer treatment. | 4000€ |
| Zheng Shuyu | Predicting personalized cancer drug combinations by integrating drug screening and single-cell lineage tracing data | Recent studies suggest that intra-tumour heterogeneity is highly related to the drug resistance which is the main cause of the cancer therapy failures. To fully understand the impact of heterogeneity on drug resistance, we are developing a novel single-cell lineage tracing method (ReSisTrace). With this approach we could characterize the cellular states that prime cancer cells to resist treatments. Moreover, a series of computational tools have been developing to analyse the ReSisTrace data and to predict drug combination effects. Finally, the well-developed methods will be applied on patient-derived cancer samples to inform evidence-based treatment decision, or to provide insights into the development of new therapies. | 6000€ |
Start Up Grants
| Name | Title | Summay of research proposal | € |
| Bouhlal Jonas | Immunological profiling of natural killer cells in discontinuation of tyrosine kinase inhibitor therapy in chronic myeloid leukemia patients | Chronic myeloid leukemia (CML) is a type of cancer of white blood cells characterized by the abnormal development of myeloid cells in the bone marrow. Its treatment was revolutionized by the development of tyrosine kinase inhibitors (TKIs), which have to be taken as maintenance treatment for the rest of a patient’s life for sustained remission. Interestingly, an increasing number of studies have shown that TKIs can be stopped after a long-lasting molecular remission, in which case 40-50% of the patients remain CML-free. Our hypothesis is that the immune system, and importantly NK cells, play a role in controlling leukemic cells to achieve good treatment responses in CML. In addition, we hypothesize that the discontinuation of treatment is made possible by the activation of NK cells and their increased vigilance against leukemic cells. The objective of this project is to characterize changes in the immune system after TKI discontinuation through the study of NK cell activation at single cell level. Notably, this study aims to discover key differences in NK cell function between disease-free and relapsed patients after TKI discontinuation, with hopes to find significant biomarkers to help make better informed decisions on treatment discontinuation. Overall, the results of this study aim to alleviate the need for overmedication of CML patients, with benefits being expected in the improvement of patients’ quality of life and reduced costs to the society. | |
| Buchwald Rauha | Identifying Markers for Diagnosing the Overtraining Syndrome | Ylikuormitustila saa aikaan urheilijan suorituskyvyn laskun ja voi pahimmillaan johtaa urheilu-uran päättymiseen. Tällä hetkellä ylikuormitustilan diagnosointi pohjautuu maksimaalisen suorituskyvyn laskuun, muiden sairauksien poissulkemiseen, sekä tyypillisiin oireisiin, joita ovat mm. lihaskipu, unettomuus ja motivaation puute. Tämän tutkimuksen tavoitteena on löytää uusia parametreja sairauden diagnosointiin analysoimalla dataa, joka on peräisin 547:n ylikuormitustilassa olevan potilaan kliinisistä maksimaalisen suorituskyvyn tutkimuksista. Yksi keskeinen päämäärä on tutkia datasta ventilaatio- ja laktaattikynnysten käyttäytymistä ylikuormitustilassa olevilta potilailta. | 4000€ |
| Jevi Lenius | Neurotoxic effects of MDMA in amygdala | I am going to research the neurotoxicity of MDMA in the amygdala using mice. Starting from low doses and titrating up to high doses. In my studies, I am going to use miniature microscopes (miniscopes). By doing that, I will be able to monitor the neuroactivity of the amygdala before, during, and after the administration of MDMA. The aims of my study are to investigate the acute neuroactivity of MDMA and investigate changes in neuroactivity following chronic administration using miniscopes. | 4000€ |
| Mansikkaniemi Lauri | “Chronic total occlusion percutaneous coronary intervention (CTO-PCI). Impact and prognosis.” – First thesis in Finland about chronic total occlusions. | Sepelvaltimon krooninen totaalitukos on sepelvaltimon kokonaan tukkiva ahtauma, jonka hoitaminen vaatii huippuosaamista ja -välineistöä. Nykytutkimusten valossa näyttö totaalitukoksen pallolaajennuksen hyödyistä on ristiriitaista, mikä tekee aiheesta kiinnostavan. Seuraavien tutkimusten tavoitteena on: 1) Tutkia, miten totaalitukoksen pallolaajennus vaikuttaa sydämen ultraäänellä määritettyyn sydänlihaksen toimintaan ja muovautumiseen. Tavoitteena on selvittää näiden muutosten ennusteellinen merkitys, yhteys potilaan oireisiin ja muutoksiin mahdollisesti liittyviä tekijöitä. 2) Selvittää lääkestenttien pitkäaikaista aukipysymistä etenkin pitkien lääkestenttauksien osalta. Lisäksi etsitään aukipysymiseen mahdollisesti liittyviä tekijöitä. | 4000€ |
| Miettinen Mikko | Treatment of hallux rigidus (HARD trial): study protocol of a RCT-trial of arthrodesis versus watchful waiting in the treatment of a painful osteoarthritic first metatarsophalangeal joint | Isovarpaan tyvinivel on yksi yleisimmistä oireisen nivelrikon esiintymispaikoista. Perinteisesti kirurgisena hoitona tähän vaivaan on ollut ko. nivelen jäykistysleikkaus. Kuitenkaan yhtään tieteellistä tutkimusta ei ole julkaistu siitä auttaako tuo leikkaus todella potilaan kokemaan jalan oireisuuteen. Tässä tutkimuksessa 90 isovarpaan tyvinivelen nivelrikon vuoksi HYKS:aan lähetettyä potilasta satunnaistetaan kahteen ryhmään: jäykistysleikkaukseen ja seurantaan. Vuoden kohdalla satunnaistamisesta arvioidaan kuinka potilaiden kokema kipu, jalan toiminta ja elämänlaatu ovat muuttuneet. | 4000€ |
| Naves Rauno | SARS-CoV-2 Variants of Concern Serology and Characterization of Novel SARS-CoV-2 Neutralizing Binder Molecules | In late 2019 a novel betacoronavirus called SARS-CoV-2 emerged in Wuhan. The virus causes coronavirus disease 2019 (COVID-19), which has devastated healthcare systems and economies across the globe. Reliable diagnostic methods are the cornerstone of controlling and following the spread of SARS-CoV-2. Emergence of novel SARS-CoV-2 variants of concern require updating diagnostic methods to ensure accurate monitoring of vaccine efficacy, seroprevalence and evaluating public health measures.COVID-19 hospitalization and death rates have been curbed with rapid vaccination programs, focusing medical research on prophylactic measures. Novel SARS-CoV-2 binder molecules present potential for prophylactic mucosal protection and as replacements for waning clinical-use neutralizing antibodies. Novel binder molecules also advance pandemic preparedness with deeper understanding of coronavirus-receptor interactions. Together with Ritvos, Saksela and collaborator groups, we have generated EIA assays for serodiagnostic and seroprevalence purposes. We developed a method for measuring SARS-CoV-2 immune responses, which we have used to monitor vaccine efficacies against emerging variants of concern. We have also created novel binder molecules capable of neutralizing variants of concern with prophylactic and therapeutic potential. Our diverse research output has furthered coronavirus decision making in Finland and produced high-class peerreviewed publications. | 4000€ |
| Ranta Amanda | Integrative Genomics of Insulin Resistance and Cardiometabolic Risk | Insulin resistance (IR) leads not only to type II diabetes (T2D), but also to micro- and macrovascular dysfunction. GWAS studies have associated thousands of candidate genes with cardiometabolic traits like IR and T2D. However, most of the known causal genes are related to beta-cell function and insulin secretion and not with actual IR. Two major factors limit our understanding of IR: first, the underlying molecular mechanisms are not well understood. Secondly, polygenic risk scores (PRS) are currently being used in improving risk prediction for T2D, but more research is needed for these to be expanded to other cardiometabolic traits, such as IR. We hypothesize that an integrative approach consisting of extensive QTL maps, advanced colocalization and functional validation through CRISPR-based screens in metabolic cell types will result in a list of novel causal cardiometabolic genes. Additionally, we will generate partitioned polygenic risk score (pPRS) models using the identified and validated causal variants. These pPRS models will be tested on a unique mixture of the largest leading genetic databases such as FinnGen, UK Biobank and Million Veteran Program. These models could be used in identifying patients at risk for IR and guiding them to more personalized treatments, earlier interventions and better outcomes. This project will take place at Stanford University and aims at producing a high impact manuscript used as a part of my PhD thesis conducted in the FinnGen project | 4000€ |